Kouluruokailusta kannellaan viranomaisille hyvin harvoin. Esimerkiksi Etelä-Suomen aluehallintovirastoon on 2000-luvulla tullut vain pari kouluruokailua koskevaa kantelua. Yksi kantelu koski erään eteläsuomalaisen koulun ruokailun hygieniaongelmia. Kantelun mukaan keittiö, jossa ruokaa valmistettiin, oli jyrsijöiden ulosteiden saastuttama. Pakastimessa oli vanhoja ruokatuotteita, rikkinäisiä pakkauksia ja tuotteita ilman suojaa.
Virasto piti ilmeisenä, että oppilaiden oikeus turvalliseen opiskeluympäristöön vaarantui keittiötilojen ja ruuan säilytystilojen epähygieenisyyden vuoksi. Se kehotti kunnan opetustoimea tekemään jatkossa yhteistyötä kunnan ruokapalveluyksikön kanssa siten, että kouluruokailun turvallisuus varmistetaan säännöllisesti kaikissa kouluissa.
Toinen kantelu koski eteläsuomalaisen kunnan koulua, joka käytti kouluruokailussa kertakäyttöastioita. Kantelijan mukaan menettely ei ollut ekologista eikä taloudellisesti kannattavaa. Koulu perusteli biohajoavien astioiden käyttöä sillä, että koulun väliaikaisissa keittiötiloissa ei ollut mahdollista pestä astioita.
Viraston mukaan kunnalla oli oikeus päättää varojensa käytöstä tällaisessa asiassa parhaaksi katsomallaan tavalla.
Eräässä kaupungissa kanneltiin koululaisten liian pienistä ruoka-annoksista silloiseen Etelä-Suomen lääninhallitukseen 2000-luvun lopulla. Lääninhallitus katsoi, että ruokailussa noudatettiin perusopetuslakia ja kaupungin ohjeellisessa annoskoko-taulukossa oli otettu huomioon eri-ikäisten oppilaiden erilaiset tarpeet. Kantelu ei antanut aihetta enempiin toimiin.